کتیبه های تاریخ دار بنا:
قدیمی ترین کتیبه بنا ، ضلع شرقی گنبد خانه ، مورخ به 389 است . این کتیبه در مرمت سال های اخیر آشکار شده است . بر کتیبه سر در مسجد ، تاریخ 704 ثبت است . و در منبت کاری شده این ورودی کتیبه ای دارد به تاریخ 825. ایوان شمالی مسجد و مقبره شیخ عبدالصمد هر یک کتیبه ای به تاریخ 707 دارد . بخش پایانی کتیبه سر در خانقاهی که در غرب مسجد بوده فرو ریخته بود که اکنون با تاریخ 716 مرمت شده است . سر در خانقاه چهار لوه مرمر دارد . که یکی از آن ها مورخ به 912 است و بر بالای در چوبی آن تاریخ 1348 دیده می شود . بر دو کتیبه مناره ، تاریخ های 725 ، 1342 ثبت است . در قدیمی ترین مسجد که به کوچه مجاور ضلع شمالی آن گشوده می شود ، کتیبه ای دارد گه طبق آن تاریخ اتمام ساخت درسال 972 و تاریخ نصب آن سال 1012 بوده است . درایوان جنوبی مسجد ، دولوح وقفنامه به تاریخ های 1103 و 1259 وجود دارد . در این ایوان ، کتیبه ای دیگر حاکی از تعمرات سال 1178 است . از زیر لایه های گچی پوشش این ایوان ، نوشته هایی به نظم و نثر با تاریخ های مختلف آشکار شده است . از جمله تاریخ های ، 899، 940، 951، 993، 1178 کتیبه ای منظوم در ایوان شمالی ماده تاریخی دارد که خبر از تعمیرات و سفید کاری مسجد در سال 1139 می دهد .کف این ایوان نیز پوشش کاشی مورخ به 1366 و نیز 1326
ش دارد . صندوق قبر شیخ عبدالصمد نیز پوششی از کاشی دارد که بر اساس کتیبه منصوب بر بالای آن در سال 1045 انجام شده است . ضریح چوبی این آرامگاه مورخ 1064 است علاوه بر این کتیبه ها دو فرمان از شاه عباس صفوی وشاه زاده حسام السلطنه قاجار بر سر در مسجد وجود دارد که به ترتیب مرخ به 1024 و 1281 است .
بانیان و سازندگان بنا :
بر اساس کتیبه های موجود ، بانی مسجد جامع و خانقاه و مقبره شیخ عبدالصمد خلیفه بن حسین بن علی ماشتری و مباشر احداث این ابنیه شمس الدین محمد بن علی نطنزی بوده است . بر اساس کتیبه های گنبد مقبره ، معمار آن ابراهیم بن اسماعیل بنا اصفهانی و دستیارش شیخ اسماعیل بوده است . بر بدنه مناره نام محمد بین ابی علی و نیز امیرکبیر جلال الدین عبدالله دیده می شود و چنین نگاشته شده که این مناره به سعی کمال الدین محمد احداث شده است .
دردیگر کتیبه های مسحد ، نام بانیان مرمت قسمت های مختلف بنا ، مهدی بن غضنفر کاشانی و مولانا محمد باقرا دماوندی و حاجی میر ابراهیم حسینی نظنزی و غلامحسین خان نو.ری حاکم وقت نطنز ، دیده می شود . نام خطاطان اسدالله حسینی ، و محمد رضا امامی و اسکندر ابراهیم آبادی نطنزی ، و قربانعلی کریم پور نطنزی ، و میرزا عبداللطیف و محمد علی بن محمد سعید حسینی نطنزی ومیرزا عباس ( فرزند حاجی میرزا حسین نطنزی ) در کتیبه ی بنا آمده است . همچنین نام استادان حجار و کاشی کار و گچ بر بنا ، استاد حیدر و استاد حسین خراسانی و استاد مجدی و استاد حسن قصاع ، فرزند علی محمد نطنزی ، و حسن اسلامی نطنزی ، در کتیبه های محسد به چشم می خورد واقف و سازنده ی در چوبی ورودی شمالی مسجد استاد علاء الدین بن حسین نجار نطنزی بوده است .
در دیگر وقف نامه های بنا ، نام استاد حیدر نجار، فرزند مظفر نطنزی دیده میشود . مزار شیخ عبدالصمد به همت خدیجه سلطان دختر شمس طلا کاشی کاری شده است . و ضریح چوبی این مقبره را استاد حسین بین اساعیل سرشکی نطنزی ساخته است .
دیگر اطلاعات مکتوب :
آندره گودار درباره مجموعه بنا های مسجد و مقبره نوشته است که محورهای اصلی این بناها که همان محور محراب آن هاست . در حدود ده درجه با یکدیگر اختلاف دارند و این اختلاف بیش از آن که بتوان حمل بر اشتباه در نقشه بنا کرد .
پس باید پذیرفت که به هنگام احداث این دو بنا ، روش سازندگان هریک از آنها در تعیین راستای قبله با دیگری تفاوت داشته است .وی افزوده است که راه ورودی مقبره که به شکلی نا مناسب تعبیه شده است دلیل بر آن است که بنای مقبره به مسجد اضافه شده است . ولی به اعتقاد دونالد ویلبر مقبره شیخ عبدالصمد از مسجد جامع قدیمی تر است . چون درنقاطی که گچ دیوارها فرو ریخته است قسمتی از تزیینات آجری قدیمی تر آن دیده می شود . به نوشته وی ، علایم آشکاری وجود دارد که درنمای شمالی مقبره ، یک سردر بوده که با توجه به نوع قالب گیری گچی ، در حدود سال 707 مسدود شده است . شرودر نیز اظهار داشته است که گنبد خانه مسجد از چهار ایوان آن قدیمی تر است و ایوان ها و طاق نماهای صحن به بنای موجود اضافه شده است . زیرا محور گنبد خانه با محور صحن مسجد اختلاف دارد و در کتیبه یکی از ایوان ها نیز این عبارت دیده می شود «مسجد در داخل مسجد ساخته شده » آندره گودار تاریخ کتیبه سردر خانقاه را 716 یا 717 تعیین کرده است . و چنان که گذشت ، این کتیبه را امروزه با
تاریخ 716 بازسازی کرده اند . عبداله قوچانی دراین باره نوشته است که با پیدا شدن شواهد جدید ، اکنون مسلم شده است که تاریخ 716 صحیح نیست .
به نوشته او بر اساس ضوابط تاریخ وصاف تاریخ گزیده ،؛ زین الدین ماستری در سال 711 اعدام شده است و بنابراین ممکن نیست در سال 716 دستور ساختن خانقاه را داده باشد . قوچانی نتیجه گرفته است که با توجه به کتیبه های مسجد و مقبره مورخ به 707 احتمالا تاریخ کتیبه خانقاه نیز 707 بوده است .
سیر تحول بنا :
بر اساس تحقیقات و کاوش های کارشناسان سازمان میراث فرهنگی دردو دهه اخیر ، قدیمی ترین بخش این مجموعه گنبد خانه جبهه جنوب غربی مسجد است . کتیبه ای که در سال 1352 ش در این گنبد خائه کشف شد نشان داد که این گنبد خانه در سال 389 بنا شده بود در نتیجه قدیمی ترین گنبد تاریخ منطقه است . این و رواق سمت قبله گنبد خانه به عللی ویران و به مرور معبر عمومی شده بوده است .