در زمان خلفا، برکناری آن حضرت از خلافت باعث کناره گیری از امور حکومت، از جمله قضاوت نشد و ایشان دستگاه قضایی نو پای اسلام را هدایت و رهبری می کرد. گاه خلفا مسایل لاینحل قضایی را به حضرت ارجاع می دادند و گاه خود مستقیماً دخالت می کرد و در پایان هر قضاوت، تحسین آنان را بر می انگیخت و همگی می گفتند زنهای جهان از زاییدن فرزندی مانند علی عاجزند قویترین قاضی در بین ما علی است. حضرت در این باره به مالک اشتر می گوید:
در آغاز، در کار خلفا دخالت نمی کردم بعد دیدم مردم از اسلام رویگردان می شوند که دخالت کردم. ترسیدم اگر به یاری اسلام و مسلمانان برنخیزم، ویرانی در بنای اسلام ببینم که مصیبت آن برای من بزرگتر از دوری حکومت چند روزه است که همچون سراب زایل می شود.
دارویهای آن حضرت، چه در زمان رسول و چه در هنگام خلافت و پیش از آن نظر به پیچیدگی موضوع از یک طرف و ابتکار و دقت نظر در قضاوت از طرف دیگر، توجه صحابه پیامبر و علاقه مندان حضرت را جلب کرد و نظر به اهمیت آن، در قرون اولیه اسلام این قضاوتها در رسائل مخصوص تدوین شد. در قدیمی ترین فهرست کتابهای شیعه، یعنی فهرست شیخ طوسی و فهرست نجاشی از این تألیف نام برده شده است. در قرون بعد علما و محدثان شیعه و برخی از محدثان عامه تتبع کرده و این فروغ را از موارد متعدد جمع آوری نموده، به صورت کتاب مخصوص در آورده اند.
در دوران بعد از شهادت آن حضرت، ائمه هدی، به ویژه صادقین (ع) و حضرت رضا(ع) مکرراً به قضاوتهای آن حضرت استناد می کردند و جملاتی مانند « کان علی یقول» و « قضی امیرالمومنین» و « افتی امیرالمونین» و « عن علی» و « قضی علی» و « افن امیرالمومنین قضی» و « افن علیاً کان یقول» و « افن امیرالمومنین کان یقضی» و « افن علیا کان یقول»در کلمات آن حضرت فراوان است.
ایشان در دیات و قصاص و حدود و قضا و فتاوای قضایی و یا قضاوتها به سیره قضایی امیرالمومنین استدلال و استنتاد می کردند و چنانکه از بعضی عبارات مذکور آشکار است استنتاد، به سیره عملی یا قولی حضرت بود و مخصوص واقعه ای خاص نبود.
در اسناد، بسیاری از روایات قضایی که در سراسر کتب قضا و حدود و دیات و قصاص موجود است، به منابعی مانند کتاب ظریف، جامعه، قضایای امیرالمومنین، کتاب علی (ع) بر می خوریم که تماماً حاوی قضاوتهای امیرالمومنین می باشد و ائمه یا راویان برجسته به آنان استناد کرده اند.
قضاوتهای آن حضرت شالوده و شاکله نظام قضایی اسلام را تشکیل می دهد. نظام قضایی حضرت مرکب از نظام ساختاری و حقوقی است که مجموعاً به کمک هم، اهداف بلند قضاوت و حکومت اسلامی را تامین می کنند. قبل از ورود به بحث، به کلیاتی اشاره خواهد شد و در پایان به ابعاد کاربردی بحث پرداخته می شود.
ادله اثبات دعوی
نظام قضایی علومی، همان طور که در حین مقایسه اتهامی یا مختلط بودن ملاحظه شد. بر پنج عنصر استوار است: علی قاضی، شاهد، سوگند، اقرار و قرعه کشی
از این میان، سه عنصر شهود و سوگند و اقرار امری عقلانی و متداول در تمام نظامات قضایی، اعم از اتهامی و تفتیشی و مختلط و عمومی و یا تخصصی البته با اختلافات در نوع اجرا و شرایط است، اما علم قاضی و قرعه کشی از مختصات نظام قضایی علوی است که مشهور فقیهان شیعی قدیماً و حدیثاً آن دو را حجت می دانسته، هر چند فقهای عامه با آن مخالف هستند، اما از دید قوانین حقوقی و موضوعه، چه قانونی مدنی، چه کیفری، نظام شیعی و سنتی توامان آن را حجت ندانسته و مورد عمل قرار نمی دهند.
سازمان قضایی نظام علوی
آخرین مبحث از نظام ساختاری قضایی آن حضرت، مبحث سازمان قضایی است. باید گفت بساطت و سادگی حکومت در صدر اسلام، با تشکیلات عریض و طویل دمساز نبود و بسیاری از امور قضایی به سادگی انجام می گرفت، گر چه خصوصیات یک سازمان تشکیلاتی نیرومند در آن یافت می شد.
به طور خلاصه باید گفت: سازمان آن حضرت غیر متمرکز بود و به انسانها در خصوص قضا تفویض اختیار و یا توکیل شده بود، آن طور که عهدنامه مالک بر می آید اختیار تام در قضا ونصب قاضی به او داده شده بود، همین طور به رفاعه، والی اهواز و والی موصل، البته شریحف قاضی بنا به دلایلی از تفویض کامل برخوردار نبود و به شکل قاضی تحقیق عمل می کرد.
از نظر مکانی آن حضرت در مسجد و دکهالقضای معرف خود قضاوت می کرد. البته حدود و مجازاتها را بیرون مسجد افعمال می نمود. فقهای اهل سنت که قضاوت در مسجد را مکروه می دانند، بین اثبات حکم و اجرای آن خلط کرده اند.
حضرت برای برخی از مجازاتها زندان داشته و بنا به قول مشهور علمای فریقین، اولین فردی بود که زندان را بنا نهاد. در زمان رسول خدا (ص) و خلفای بعدی از ساختمانها و امکانات موجود به عنوان زندان استفاده می شد اما حضرت بدین منظور مکانی ساخت به احکام زندان در نظام علوی در مبحث ساختار حقوقی خواهیم پرداخت.
امام علی (ع) پلیس قضایی داشته که به او در دستگیری و تعقیب مجرمان یاری می دادند و نقش ضابط را ایفا می کردند همچنین از وجود کارشناسان در شناسایی جرم و مجرم بهره می گرفت که اصطلاح فنی و متداول آن پلیس علمی است به ویژه در مسایل مخصوص زنان که کارشناسان زن لحاظ می شدند. البته نقش پلیس علمی را آن حضرت عمدتاً خود ایفا می کرد به طوری که گاه بدون توجه به بیانات شهود و مدعیان، به کاوش علمی می پرداخت و بر اساس آن عمل می کرد که در بحث علم قاضی به آن اشاره شد.