تجربه نشان می‌دهد اکثر واحدهای اقتصادی کشور دارای نقاط ضعف کم‌وبیش قابل توجهی در نظام کنترل‌های داخلی‌شان هستند و این نقاط ضعف با توجه به تنوع ماهیت و فعالیت‌های این واحد‌ها و سیستمهای کنترل داخل‌شان و شرایط حاکم بر آنها بسیار متنوعند که پرداختن به تمامی آنها که مقدور است نه مفید خواهد بود اما بررسی‌ها نشان می‌دهد که بخش قابل توجهی از این نقاط ضعف تقریباً با هم مشابه‌اند و لذا تقریباً راه‌حل‌های مشابهی هم دارند.
دلایل وجود نقاط ضعف در واحدهای اقتصادی کشور ( اعم از بخشهای خصوصی و عمومی) را می‌توان به دو دسته‌ی کلی تقسیم کرد : عوامل و موانع برون سازمانی و عوامل و موانع درون سازمانی
عوامل و موانع برون سازمانی :
بخشی از این عوامل و موانع ریشه در عوامل فرهنگی، تاریخی و اجتماعی مردم کشور ما دارد، از قبیل تمایل بخشی از جامعه به عدم تمکین در مقابل قوانین و مقررات یا به عبارت دیگر قانون‌گریزی و شخصی‌‌نگری در مقابل گروه‌نگری و مقاومت در مقابل ضابطه‌مندی و سعی در دور زدن ضابطه‌ها.
عادت بخشی از جامعه به کم‌کاری و زیاد‌خواهی، حرف زدن بیشتر و عمل کردن کمتر، عدم پذیرش مسؤلیت خطاها و سعی در برون‌فکنی و ... اشاره کرد.
بخش دیگری از این عوامل ریشه در قوانین و مقررات موجود ناسازگار با شرایط حاکم و نیز مناسبات استقرار یافته عملیات تولیدی و تجاری در کشور دارد. از قبیل مشکلات موجود در قوانین تجاری، قوانین مالیاتی و قوانین گمرکی و...)
فصل مشترک بخش عمده‌ای از این انتقادات به ناسازگار بودن و نارسا بودن قوانین و مقررات تجاری موجود با شرایط موجود یا مورد نیاز و ضرورت بازنگری و اصلاح آنها معطوف است. وجود قوانین و مقررات ناسازگار و نارسا خواه و ناخواه واحد اقتصادی زیر نظر یک مدیر را تحت تاثیر قرار می‌دهد. و هر چند که مدیر مورد نظر، قادر نیست که عوامل و موانع مزبور را مرتفع کند، لیکن بایستی ( ضمن آگاهی از وجود و تاثیر آنها) از وجود افراد مطلع به این امور جهت شناسایی محیط اقتصادی و عوامل موثر از این طریق بر واحد اقتصادی تحت مدیریت خود استفاده کند و تدابیر یا کنترل‌هایی را طراحی و مستقر نماید که از بابت موارد مزبور کم‌ترین آسیب را ببیند وجود مشاورین اقتصادی و حقوقی و حتی جامعه‌شناسان مطلع، آگاه به شرایط روز و کارآمد.
عوامل و موانع درون سازمانی :
این عوامل هر چند که از عوامل برون سازمانی تاثیر می‌پذیرند.
یکی از نقاط مشترک این عوامل مسئله‌ی تفکیک وظایف و وجود ثباتی از جمله آفت‌های عامل کنترلی تفکیک وظایف است این عامل کنترلی مهم را باید با آگاهی و ظرافت به کار گرفت تا از آن نتیجه مطلوب به دست آید.
هر چند که برای تفکیک وظایف در متون تخصصی مربوطه فرمول‌های استانداردی طراحی و توصیه شده است، لیکن توجه به عوامل یاد شده میتواند باعث تغییر در نحوه‌ی به کار‌گیری این عامل کنترلی از یک واحد اقتصادی به واحد اقتصادی دیگرشود.
مثال نگارنده زمانی در شرکتی واقع در یک شهر بزرگ مشغول حسابرسی بود که یکی از اقوام یکی از کارکنان اداری این شرکت به رحمت ایزدی رفت‌و ملاحظه شد که تقریباً تمامی کارکنان کلیدی بخشهای اداری و مالی این شرکت علیرغم اسامی گوناگونی که داشتند سیاه‌پوش شدند. پرس‌‌‌وجوها معلوم ساخت که خویشاوندی تنگاتنگی بین این افراد برقرار است و لذا سازوکار تفکیک وظایف در این شرکت چقدر میتواند غیر قابل اتکا باشد.
تفکیک وظایف و مسئولیت‌ها به هر صورتی که طراحی و اجرای شود بایستی دائماً تحت نظارت و کنترل مدیران مربوط یا نمایندگان آنها قرار گیرد و به صورتی سیستماتیک هر از چند‌گاه یک بار تغییراتی در آنها داده شود.
مسئله‌ی اعتماد بیش از حد به همکاران یا زیردستان از دیگر نقاط ضعفی که در واحدهای اقتصادی کشورمان ملاحظه می‌شود مسئله‌ی اعتماد بیش از حد برخی مدیران به زیردستان یا همکاران است . مشغه‌ی زیاد برخی از مدیران شعف مدیریت با سوء مدیریت برخی از آنها و... از جمله مواردی است که میتواند به عنوان دلایل ایجاد این وضعیت مطرح شود.
مسئله‌ی عدم بررسی و شناسایی دارایی‌های ارزشمند در معرض سوء استفاده به طور سنتی عادت کرده‌ایم که پول نقد را به دلیل با ارزش بودن و نیز سهولت سوء استفاده از آن به سختی محافظت کنیم، اما نسبت به مثلاً ماشین‌آلات که به دلیل سنگینی و خصوصیات دیگرشان کمتر در معرض سوء استفاده قرار می‌گیرند، کنترل‌های حفاظتی کم‌تری را اعمال کنیم.
مثال شرکت تولید‌کننده لوازم الکترونیکی بود که از پول‌های نقدش به شدت در گاو‌صندوق محافظت می‌کرد، لیکن برخی از قطعات الکترونیکی را که علیرغم اندازه و وزن کمشان، دارای ارزش زیادی بودند در میان سایر قطعات الکترونیکی دیگر در محوطه‌ی کارخانه ر‌ها ساخته بود و فقط کافی بود که شخص واردی در این زمینه که در حین شناسایی این قطعات و ارزش آنها، به بازار مصرف و فروش آنها نیز دسترسی داشته باشد، به سهولت دست به اقدام بزند.
مسئله‌ی ضعف یا عدم برنامه‌ریزی در مورد ( فقدان راهبرد و تاکتیک) بی‌برنامگی موجب می‌گردد که سمت و سوی مشخصی برای تحرک واحد اقتصادی و حد و حدود معین و متناسبی برای فعالیت‌های آن ایجاد نشود و در نتیجه ارتباط و هماهنگی لازم بین بخشهای مختلف فعالیت واحد برقرار نشود.
در مورادی مشاهده شده است که شرکتی در مقایسه با تولید سالانه‌اش به میزان ده سال مصرف یک ماده‌ی اولیه‌ی خاص را خریداری کرده و این و امر علاوه بر محبوس کردن مقادیری از نقدینگی شرکت مشکلاتی را در زمینه‌ی انبار کردن و نگاهداری این موجودی‌ها و تحمیل هزینه‌های غیر ضروری از این بابت به شرکت و در برخی موارد نگهداری بخشی از این موجودی‌ها در فضای باز و نامناسب و مالا تحمیل زیان‌های ناشی از آسیب و تخریب آنها به شرکت شده است در این گونه موارد علاوه بر ضعف نظام کنترل داخلی و سوء مدیریت به فساد اداری و مالی را نیز نباید از نظر دور داشت.
مسئله‌ی عدم توجه مناسب و کافی عامل نیروی انسانی متخصص در اغلب واحدهای اقتصادی به موضوع پر اهمیت جذب و نگهداری عامل نیروی انسانی متخصص و متبحر توجه لازم مبذول نمی‌شود و بهای لازم به این افراد داده نمی‌شود و بهای لازم به این افراد داده نمی‌شود و لذا هر ساله شاهد ریزش و کاهش این گونه افراد در واحدهای اقتصادی هستیم و این واقعیتی است که هر چند ممکن است در کوتاه مدت اثرات خود را ظاهر نکند لیکن در جهان پرشتاب و پر رقابت کنونی قطعاً در میان مدت و بلند مدت اثرات سوء خود را آشکار خواهد کرد.
این موضوع در رشد و حیات واحدهای اقتصادی به قدری حیاتی و اساسی است که واحدهای اقتصادی موفق و معتبر دنیا برنامه‌ریزی و اجرای سیاست‌های جذب و نگهداری نیروی انسانی متخصص را در صدر برنامه‌های خود قرار داده‌اند.
مسئله‌ی جذب و نگهداری نیروی انسانی متخصص، موضوعی است که علاوه بر سطح درون سازمانی در سطح برون سازمانی نیز مطرح است و برگردانندگان و سیاست‌گذاران و مدیران جامعه مسئولیت دارند که در این زمینه برنامه‌های کوتاه‌مدت، میان‌مدت و بلند مدت مناسبی‌را طراحی و اجرا کنند.
مسئله‌ی عدم استقرار حسابرسان داخلی در شرکت یا عدم استفاده‌ی موثر از آنها در صورت وجود به کلی کنار گذاشته شوند.ضمن این که مدیران اجرایی با توجه به خلاء به وجود آمده، در حیطه‌ی امور تحت مدیریت خود و با توجه به نیازها، سلائق و انتظارات شخصی، روش‌های کنترلی خاصی را تعیین کرده و اجرای آنها را از کارکنان تحت نظر خود خواستار می‌شوند. بدین ترتیب پس از گذشت مدتی، سیستم طراحی شده‌ی اولیه از انسجام و یکپارچگی موردنظر ساقط می‌شود و کارائی و اثر‌بخشی خود را از دست می‌دهد.