محبوبی اردکانی در کتاب «تاریخ موسسات تمدنی جدید» ، در مورد تأسیس دارالفنون در دوره ی قاجاریه می نویسد:
«نام مدرسه ای که به فرمان امیرکبیرتأسیس شد دارالفنون بود و این نام بالصراحه در روزنامه وقایع اتفاقیه مکرر دیده می شود ولی خود امیرکبیر در نامه ای که برای استخدام معلم به (جان داود) نوشته است آن را مکتب خانه پادشاهی خوانده و در نخستین خبر تأسیس آن هم(تعلیم خانه) نام برده شده است. و محتمل است که گذراندن نام دارالفنون تقلیدی از دارالفنون عثمانی و اساساً تأسیس آن هم، به همان اسم و روش کار، یکی از نتیجه های هم چشمی مخصوص امیر با اولیای دولت عثمانی بوده است.
محل دارالفنون همان جا بود که (الآن) دبیرستان دارالفنون هست. در سال 1266 هجری قمری در این محل که در شمال شرقی ارگ شاهی و قبلاً سربازخانه بود شروع به ساختمای مدرسه کردند. تا یکسال کار چندان پیشرفت نداشت و چون امیر می خواست زودتر به نتیجه برسد از سال 1267 میرزا رضای مهندس باشی را که در زمان فتحعلیشاه به لندن اعزام شده بود و درآنجا درس خوانده بود مأمور تهیه ی نقشه ی ساختمان کرد. میرزا رضا ظاهراً از روی نقشه سربازخانه و عمارت (وولیچ) انگلستان نقشه ساختمان را تهیه نمود. (محمد تقی خان معمار باشی) ساختمان آن را به عهده گرفت و در همان سال قسمت شرقی آن خاتمه یافت و این عمارت که به قول روزنامه وقایع اتفاقیه بنایی عالی و طرحی جدید مشتمل بر پنجاه حجره ی منقشِ مذهبِ وسیع بود، در سال 1269 هجری قمری به اتمام رسید.»
تجدید بنای دارالفنون
در نقشه ی عبدالغفار که به سال 1309 هجری قمری یعنی به فاصله بیش از 40 سال از ساخت مدرسه [در دوره ی قاجاریه] تهیه شده، ورودی اصلی دارالفنون از جنوب و از طریق معبری متصل به خیابان الماسیه است. قورخانه مبارکه و مسجد مهد علیا نیز در این خیابان قرار دارند. در این نقشه خیابان الماسیه از شمال به میدان توپخانه و از جنوب به خیابان درب اندرون متصل می شده است. تأتر و تماشاخانه ی مدرسه در شمال شرقی بنا و در لبه ی خیابان ناصرخسرو و در حدود شمالی موقعیت فعلی ورودی مدرسه قرار دارد. دکتر عیسی صدیق در کتاب «یادگار عمر» در مورد شکل اولیه و تغییرات مدرسه که به دستور او انجام شده است، می نویسد:
«درسال 1327 عمارت دارالفنون در اساس همان بود که در سال 1268 به دستور امیرکبیر ساخته شده بود و تا سال 1348 باقی بود و در وسط یک حیاط وسیع مشجر حوض بزرگی قرار داشت که قسمتی از آب شاه دائماً از آن می گذشت. در چهار طرف حیاط مذکور اطاق های درس بود و جلوی تمام آنها دور تا دور ایوان یک سره با گنبدهای آجری که از سمت حیاط بر ستون های عریض و ضخیم آجری تکیه داشت. عرض ایوان سرتاسری بیش از 5 متر بود و به همین سبب تمام اتاق های درس کمی تاریک بود.اتاق های ضلع جنوب را بر مجرای قنات بزرگ شاه ساخته بودند و همیشه مرطوب بود. در موقع تحصیل من [ عیسی صدیق ] در اتاق های نمناک جنوبی کلاس نقاشی و زبان انگلیسی و مقدمات طب دائر بود.