روح الله و شهادت پدر
نزدیک به نود سال قبل شهر خمین صحنه نزاع و درگیری خوانین محلی بود که کشمکش آنها بر سر تصاحب املاک، مال و جان رعایا را به مخاطره انداخته بود. در این میان آقا سید مصطفی مایه آرامش برای اهالی و مانع بزرگی برای زورگویان دولتی و خوانین بود. او به مقابله با ستمگری‌ها برخاست و خانه خود را با دیوارهای بلند و برج‌های متعدد سنگر دفاع از اهالی شهر قرار داد. توطئه‌ها بالا گرفت از این رو آقا سید مصطفی برای شکایت از خوانین ستمگر دیار خود راهی اراک شد اما در میان راه توسط عوامل خوانین محلی خلع سلاح گشته و به شهادت رسید. این در حالی بود که روح الله کوچکترین فرزندش پنج ماهه بود. او که در روز ولادت حضرت زهرا (مصادف با سال 1281 ه.ش) چشم به جهان گشوده بود یادگار کوچک پدر شد.
صاحبه خانم خواهر آقا سید مصطفی به خانه برادر نقل مکان کرد و به همراه همسر وفادار او کمر به تربیت فرزند او بست. بانو صاحبه زنی با تقوا و شجاع بود. پس از چندی به خونخواهی برادر روانه تهران گشت و با تلاش و پیگیری بسیار موفق به گرفتن حکم قصاص قاتل برادر شد و سرانجام پس از دو سال در اردیبهشت ماه 1284 قاتل آقا سید مصطفی در میدان بهارستان تهران
به دار آویخته شد.
ماجرای مرگ پدر برای روح الله که او را به خاطر نمی‌آورد حماسه‌ای بود از شهادت و ایستادگی در برابر ظلم و ستم خوانین و حکام وقت و دفاع از محرومین و مستضعفین تا حد ایثار جان. نفرت و انزجار روح الله از روابط ظالمانه اقتصادی- اجتماعی تا دهها سال پس از آن ادامه داشت و بعدها مبانی نظری پیدا کرد و به صورت اصل بدون چون و چرای دفاع از مستضعفین در برابر
مستکبرین جلوه نمود.
روح الله پانزده ساله بود که دو مصیبت او را ماتم‌زده کرد. اول فوت عمه مهربان و فداکار و پس از آن وفات مادر مهربانش که او را غرق در اندوه و غم نمود.
روح الله، تحصیل و ازدواج
در سال 1339 روح الله که جوانی نوزده ساله بود برای ادامه تحصیل در حوزه آیت الله حایری راهی اراک شد و پس از مدتی به قم عزیمت کرد. استادان ایشان را در طول دوران تحصیل تا چهارده نفر ذکر کرده‌اند که از میان آنها آیت الله حایری و آیت الله شاه‌آبادی به دلیل شخصیت
خاص معنوی بسیار بارز بودند.
سال هزار و سیصد و هشت بود که روح الله با وساطت یکی از دوستان خود از دختر آقای ثقفی یکی از طلاب حوزه علمیه خواستگاری نمود. گرچه آقای ثقفی شخصاً با این ازدواج موافق بود پاسخ را منوط به نظر دخترش نمود اما دختر ایشان بنابر برخی ملاحظات در تصمیم به ازدواج مردد بود به همین دلیل خواستگاری ده ماه به طول انجامید. سرانجام بر اثر خوابی که دختر دید و بعداً نیز تعبیر شد همگی به این نتیجه رسیدند که این ازدواج مقدر و مورد رضایت اهل بیت (ع) است. از این رو تردیدها برطرف شده و ازدواج صورت گرفت. در سال 1316 روح الله الموسوی الخمینی که سی و شش سال داشت از استادان و مدرسین فاضل و به نام حوزه علمیه قم بود و طلاب جوان آرزوی روزی را می‌کشیدند که در مجلس درس ایشان حضور پیدا کنند.