دانشگاه گندی‌شاپور نخستین دانشگاه جهان بود که در سال 271 پیش از میلاد در شهر گندی‌شاپور در خوزستان، به فرمان شاپور دوم بنیان‌گذاری شد. در آن دانشگاه، که عرب‌ها آن را جندی‌شاپور خوانده‌اند، رشته‌های پزشکی، فلسفه، الاهیات و علوم، به‌ویژه اخترشناسی، آموزش داده می‌شد. گندی‌شاپور یک بیمارستان آموزشی، رصدخانه و کتابخانهی بزرگی نیز داشت که نوشته‌هایی به زبان‌های پهلوی، یونانی، هندی و سریانی در آن نگهداری می‌شد. آن دانشگاه الگویی برای بنیان‌گذاری بیت‌الحکمه در بغداد شد.
بنیان‌گذاری گندی‌شاپور
گندی‌شاپور یکی از هفت شهر اصلی امپراتوری ایرانیان در ایالت خوزستان بود. برخی نویسندگان بنیان‌گذاری این شهر را به اشکانیان نسبت می‌دهند، اما برخی دیگر براین باورند که این شهر را شاپور اول، دومین پادشاه ساسانی، پس از شکست ارتش والریانوس، امپراتور روم، به سال 260 میلادی، ساخت و از آن به عنوان پایگاه نظامی و جای نگهداری 70 هزار اسیر رومی بهره می‌گرفت. واژه‌ی وندوی‌شاپور، که به مفهوم "تسخیر شده به دست شاپور" است، از این نظر پشتبانی می‌کند. فردوسی نیز در چگونگی پدید آمدن این شهر آورده است:
نگه کرد جایی که بد خارسان از او کرد خرم یکی شارسان
کجا گندشاپور خوانی ورا جز این نام نامی نرانی ورا
در خوزیان دارد این بوم و بر که دارند هر کس بر او برگذر
از او تازه شد کشور خوزیان پر از مردم و آب و سود و زیان
یکی شارسان بود آباد بوم که پر دخت بهر اسران روم
برخی دیگر از تاریخ‌نگاران نوشته‌اند که بنیان‌گذاری گندی‌شاپور را اردشیر اول آغاز کرد و پسرش شاپور آن را به پایان رساند. برای نمونه، ابن ندیم می‌نویسد: " اردشیر برای گردآوری کتاب از هند و روم و بقایای آثاری که در عراق مانده بود، کسانی را بدان ناحیه‌ها فرستاد و از آنها هرچه را متفرق بود گردآورد و آنچه را متباین بود تالیف کرد." به نظر او، اردشیر می‌خواست مدرسه‌ای بسازد که به بزرگی و شکوه آن مانندی وجود نداشته باشد. اما زمان این کار را پیدا نکرد و پسرش شاپور اول راه او را ادامه داد.
گندی‌شاپور که در آغاز روستای کوچکی به نام نیلاوه بود در زمان شاپور دوم،ذوالاکتاف، شهری گسترده و آباد شد. هنگامی که ژولین، امپراتور روم، در سال 363 میلادی به ایران یورش آورد، شاپور دوم لشکر خود را در آن شهر گرد آورد. از این رو، وندوی‌شاپور یا شاپور گرد به گنده شاپور، به معنای لشکرگاه شاپور، شناخته شد و آرام‌آرام به صورت گندی‌شاپور در آمد و زمان زیادی پایتخت ساسانیان بود. آن شهر تا زمان یورش عرب‌های مسلمان هم‌چنان از شهرهای مهم خوزستان و ایران بود و در زبان آنان به جندی‌شاپور شناخته می‌شد که در زبان فارسی نیز به همین نام شهرت یافت. اما پس از بنیان‌گذاری بیت‌الحکمه در بغداد و رفتن بسیاری از دانشمندان وبزرگان آن شهر به آن مرکز علمی اسلامی، آرام‌آرام اهمیت خود را از دست داد و پس از 900 سال شکوفایی رو به ویرانی نهاد و اکنون ویرانه‌های آن در نزدیکی شوشتر در جایی به نام شاه آباد، بر جای مانده است.
از پادگان نظامی تا پایگاه دانش
گندی‌شاپور که در آغاز به یک شهر نظامی می‌ماند، آرام‌آرام چهره‌ی شهر دانش را خود گرفت. گردآمدن برخی از ماهرترین پزشکان روزگار و به وجود آمدن مرکزهای آموزش پزشکی در آن شهر، سرآغاز آن دگرگونی بزرگ بود. قفطی، نویسنده‌ی کتاب اخبار الحکما، آغاز آموزش پزشکی در شهر گندی‌شاپور را از زمان اردشیر می‌داند و نوشته است که دانشمندان و پزشکان سریانی به آن شهر آمدند و آموزش پزشکی را آغاز کردند. هم او نوشته است که شکوفایی علمی گندی‌شاپور در زمان شاپور دوم بوده است و از زبان شاپور نوشته است که گفت:"شمشیرهای ما مرزها را می‌گشاید و دانش و فرهنگ ما، قلب‌ها و مغزها را تسخیر می‌کند."
گندی‌شاپور در زمان خسرو انوشیروان(531- 579 میلادی) به شهرت تاریخی خود رسید، چرا که به خواست او نهضت علمی توانمندی در ایران پیدا شد. وی بنا بر نوشته‌های اکاثیاس، فلسفه را از اورانوس طبیب و فیلسوف آموخته بود و به عالمان و حکیمان و مترجمان و ادیبان توجهی ویژه داشت و هر یک را به کاری می‌گماشت. چنان‌که بولس ایرانی را مأمور تألیف کتابی در منطق ارسطو کرد و با کمک جبراییل درست‌بد(Dorostbad)، یعنی وزیر یا رئیس بهداری، در سال بیستم از سلطنت خود پزشکان گندی‌شاپور را گرد آورد تا به روش پرسش و پاسخ کتابی در علوم طب بنویسند. بهره‌گیری او از برزویه‌ی پزشک در ترجمه‌ی کتاب‌های هندی و هم‌نشینی حکیمانه او با بزرگمهر، که به نظر می‌رسد همان برزویه باشد، مشهور است.
انوشیروان بزرگمهر را، که ریاست دانشکده‌ی پزشکی را داشت، به هندوستان فرستاد تا کتاب‌های خوب هندی را به ایران بیاورد. از جمله کارهای ماندگار برزویه، ترجمه‌ی کتابی از سانسکریت به نام Panchatantra به زبان پهلوی بود که با نام کلیله و دمنه مشهور شد. او علاوه بر این اثر ارزشمند چند تن از پزشکان هندی را همراه خود به ایران آورد. کتابی هم به نام حکمت هندی، که در 462 هجری/1070 میلادی با تلاش شمعون انطاکی از عربی به یونانی ترجمه شد، نیز به او منسوب است.
از روی‌دادهای علمی مهم دوره‌ی انوشیروان، پناه جستن هفت تن از دانشمندان و فیلسوفان مدرسه‌های روم شرقی به سال 529 میلادی است که از بیم تعصب ژوستی‌نیانوس، امپراطور روم شرقی، به ایران آمدند و به فرمان خسرو به مهربانی پذیرفته شدند. آن حکیمان پیروان شیوه‌ی نوافلاطونی بودند و انوشیروان با برخی از آنان به‌ویژه پریسکیانوس، گفت‌وگوهای علمی داشت و از پرسش‌ها و پاسخ‌های آن دو ،کتابی فراهم شده بود که اکنون ترجمه‌ی ناقصی از آن به لاتین در کتابخانهی سن‌ژرمن پاریس با عنوان "حل مسائلی درباره‌ی مشکلات خسرو پادشاه ایران" موجود است. این کتاب شامل گفت‌وگوهای کوتاهی در موضوع‌های گوناگون روانشناسی، کارهای اندام‌ها، حکمت طبیعی، اخترشناسی و تاریخ طبیعی است.
از آن‌جا که در دانشگاه گندی‌شاپور، به‌ویژه در دوره‌ی انوشیروان، نسبت به دانشمندان از هر آیین و ملتی به گرمی رفتار می‌شد، آن نهاد آموزشی و پژوهشی بزرگ‌ترین مرکز علمی جهان آن روزگار شد و دانشمندان و پزشکانی از جای‌جای جهان، از چین و هند، از مصر و یونان، از مسیحی و زدشتی و با هر نگرش فلسفی گردهم آمدند. از این رو، جرج سارتون، پژوهشگر تاریخ علم، بر خلاف بسیاری دیگر از پژوهشگران و نویسندگان، از آن مرکز علمی و پژوهشی، نه با عنوان مدرسه‌ی که با عنوان دانشگاه گندی‌شاپور یاد کرده است. گندی‌شاپور به بیان او:" بزرگ‌ترین مرکز فکری عصر بود و افکار یونانی، یهودی، مسیحی، سریانی، هندی و ایرانی می‌توانستند در آن‌جا با هم مقایسه شوند و به هم درآمیزند."
سازمان آموزشی
در دانشگاه گندی‌شاپور آموزش پزشکی اهمیت زیادی داشت و آموزش اخترشناسی و فلسفه پس از آن مورد توجه بود. آموزش پزشکی آمیزه‌ای از پزشکی هندی، یونانی و ایرانی بود و شیوه‌ی آموزشی آن به اندازه‌ی پیشرفت کرد که برخی از تاریخ‌نگاران آن را شهر بقراط نام داده‌اند و قفطی، نویسنده‌ی کتاب اخبارالحکما آن را از پزشکی یونان کامل‌تر می‌داند. این نظر چندان مبالغه‌آمیز نمی‌نماید، چرا که پزشکانی از هند، چین، اسکندریه، فینیقیه، میان‌رودان و ایران در گندی‌شاپور گردآمده بودند و باعث آمیزش و پیوند روی‌کردهای پزشکی گوناگون و نقد آنها شده بودند و چنین پیوند و آمیزش علمی و فرهنگی تا آن زمان در جهان به وجود نیامده بود. جهان دانش از این رو به گندی‌شاپور وامدار است که در دورانی که برای ارتباط دانشمندان ملت‌های گوناگون و گسترش و پراکنش دانسته‌های علمی ابزارهای کارآمدی وجود نداشته، چنین فرصت ارزشمندی را فراهم کرده است.